Сложное предложение с разными видами связи. Внимание к первой цифре: у двух первых частей есть общий член, который влияет на знак. Разбираем цифры.

(1) Запятой нет. «Весь день стояла прекрасная погода (1) и ветер был тёплым и ласковым» — у обеих частей общий второстепенный член «весь день» (весь день стояла погода и весь день был тёплый ветер), поэтому перед «и» запятая не ставится.

(2) Запятая нужна. «ветер был тёплым и ласковым (2) но (3) когда мы подплывали к Севастополю (4) пошёл сильный дождь» — перед противительным «но» запятая.

(3) Запятая нужна. Стык союзов «но когда»: у придаточного «когда мы подплывали…» нет второй части «то», поэтому запятая между «но» и «когда» ставится.

(4) Запятая нужна. «когда мы подплывали к Севастополю (4) пошёл сильный дождь» — заканчивается придаточное времени, ставится запятая.

Итог: запятые на местах 2, 3 и 4.