Здесь ищем не запятые, а тире. Главный случай тире — между подлежащим и сказуемым, когда оба выражены существительным (или числом) и между ними мысленно вставляется «это».

Подсказка-маркер: если после подлежащего стоит слово «это», тире ставится прямо перед ним.

(1) — «Колокольня Ивана Великого — это церковь…». Подлежащее «колокольня», дальше «это» и сказуемое «церковь». Между ними тире → на 1.

(2) — «церковь…, расположенная на Соборной площади». Пошёл причастный оборот, тут нужна запятая, а не тире → на 2 тире нет.

(3) — «Время её возведения — 1500–1508 годы». Подлежащее «время» и сказуемое-число «годы», между ними тире → на 3.

(4) — «годы, а проектом… занимался». Это стык частей сложного предложения перед союзом «а», тут запятая → на 4 тире нет.

(5), (6), (7), (8) — дальше идут причастный оборот «спроектировавший…» и однородные дополнения «звонницу и пристройку». Здесь работают запятые и союзы, тире не требуется.

Итак, тире встаёт только там, где подлежащее и сказуемое-существительное/число, — на 1 и 3.