Развёрнутое предложение с разными видами связи: изъяснительное «что», причинное «поскольку», уступительное «хотя», определительное «кто». Разбираем цифры.

(1) Запятая нужна. «Исследователи… вскоре поняли (1) что индейские иероглифы не могли быть буквами» — перед изъяснительным «что» запятая.

(2) Запятая нужна. «не могли быть буквами (2) поскольку их слишком много» — перед причинным союзом «поскольку» запятая.

(3) Запятая нужна. «слишком много (3) и (4) хотя индейцев майя… уцелело немало (5) среди них не осталось никого» — союз «и» соединяет смысловые части предложения, перед ним запятая.

(4) Запятая нужна. Стык союзов «и хотя»: у уступительного придаточного «хотя индейцев майя… уцелело немало» нет второй части («но»/«то»), поэтому запятая между «и» и «хотя» ставится.

(5) Запятая нужна. «к XX веку уцелело немало (5) среди них не осталось никого» — заканчивается уступительное придаточное, ставится запятая.

(6) Запятая нужна. «не осталось никого (6) кто знал бы древнюю письменность и мог бы помочь учёным» — определительное придаточное, перед «кто» запятая.

Итог: запятые на всех местах — 1, 2, 3, 4, 5 и 6.